13年坚守伶仃洋，他参加港珠澳大桥、深中通道国家两大超级工程建设，助力中国海底沉管隧道实现从落后到引领的跨越。

在港珠澳大桥岛隧工程施工期间，宁进进和团队坚持走自主创新道路，在国外技术封锁的艰难条件下，3年攻关编写浮运安装施工成套方案，“零安全事故”完成33节8万吨巨型沉管的浮运施工任务，最终接头安装过程中水下独自坚守12小时完成管内监测任务，为港珠澳大桥沉管隧道实现毫米级对接精度、创造“滴水不漏”的世界奇迹作出了突出贡献。期间，他撰写了20余篇关于沉管浮运安装的学术论文，申请专利十余项，并获得了中国水运建设行业协会颁发的科学技术奖特等奖。

在参建港珠澳大桥的近7年时间里，宁进进与家人聚少离多，把大部分时光奉献给了港珠澳大桥。2017年劳动节期间，山东卫视播放港珠澳大桥施工现场画面，当看见宁进进出现在电视中时，4岁的女儿趴到电视屏幕上亲吻爸爸。此种场景，每每谈起，他都觉得亏欠妻子和女儿。

在深中通道工程建设中，他参与自主研发了“自航式沉管运输安装一体船及施工成套技术的研发与应用”重大科技成果，将海底沉管安装引入智能时代。该成果荣获中施企协“2021年工程建设十项新技术”和中国交建技术发明奖一等奖。

面对技术首创、船舶首制、气象多变、长距离浮运等多个世界难题，宁进进带领团队编制完成基床基础、舾装、浮运、安装、管内施工全流程成套方案，形成包括“船管连接和船管配载作业”“沉放演练”“水力压接”等全流程作业指导书，成为沉管浮运安装的核心施工技术，为实现“毫米级”对接精度提供了重要保障。

作为沉管沉放对接总指挥，宁进进始终把创新摆在首位，在世界范围内首次将北斗系统引入海底隧道施工领域，同时联合科研机构研究管节变形对沉放对接的影响，结合GNSS的特点和导向系统标定的特性，提出高精度对接三步走的标准化操作方法和目标体系，促进沉管的又一次跨越。截至目前，建设团队已完成23节钢壳沉管隧道的浮运安装，期间创下了连续7个管节毫米级高精准对接的“深中精度”。

宁进进2017年获评中国水运建设行业协会科学技术奖特等奖；2020年获中国航海协会科学技术奖特等奖；2021年获评中国水运建设行业协会科学技术奖特等奖。